باعتباره فيلسوفا عربيا معاصرا، وصاحب41 مؤلفا علميا في الأديان والعلوم الإنسانية والشرعية، ومحققا 24 كتابا من اهم كتب التراث، و27 بحثا محكما، شهدت جامعة جنوب الوادي مناقشة رسالة الماجستير عن الدكتور محمد الخشت، قدمها الباحث شاكر محمد شاكر في موضوع "النزعة التنويرية عند محمد عثمان الخشت - دراسة في فلسفة الدين"، وتكونت لجنة المناقشة والحكم من الدكتور أحمد عبد الحليم عطية مشرفًا ورئيسًا، وعضوية كل  من الدكتور حسن حماد عميد كلية الاداب الأسبق بجامعة  الزقازيق مناقشا، والدكتور عبد الستار الراوي الاستاذ بجامعة بغداد مناقشًا ، والدكتور سعيد على عبيد مشرفًا مشاركا ، وقد منحت اللجنة الباحث درجة الماجيستير في الفلسفة بتقدير ممتاز مع التوصية بطبع الرسالة وتبادلها مع الجامعات الأخرى.

وتكونت الدراسة من 5 فصول مع مقدمة بها أهداف الدراسة والإشكالية والمنهج المستخدم في الدراسة وخاتمة تضمنت أهم نتائج البحث. 

وتناول الفصل الأول ماهية الدين عند الخشت، واستعراض مفهوم الدين وتعريف فلسفة الدين وبخاصة تعريف الخشت لفلسفة الدين، كما تناول الباحث فيه تصنيف الخشت للأديان وأهم المسائل التي تعالجها فلسفة الدين، وفي الفصل الثاني ناقش الباحث مفهوم التأويل عند الخشت لفلسفة الدين بالمقارنة بمفهوم كل من كانط وهيجل وهيوم، 

وفي الفصل الثالث تناول الباحث مفهوم العقلانية في فكر الخشت وكذلك عقلانية الخشت في تفكيكك الخطاب الديني البشري التقليدي وتفكيك العقل المغلق، أما في الفصل الرابع فقد استعرض الباحث التجديد الديني في فكر الخشت، وكيف عالج الخشت المشكلات الفقهية والدينية، وموقف الخشت من التجديد في التراث الإسلامي وكيفية التعامل مع التراث، وانتهى الباحث في الفصل الخامس بمناقشة قضايا المرأة في فكر الخشت من خلال معالجة الخشت لكل ما يتعلق بفقه المرأة وتصحيح التصورات الأسطورية والأفكار غير المنضبطة عن المرأة التي خلفها بعض علماء الخطاب الديني البشري التقليدي.

وانتهت الرسالة إلى عدة نتائج وهي أن الدكتور محمد عثمان الخشت قدم أول مقارنة شاملة بين الأديان والفلسفات حيث تحول معه علم مقارنة الأديان من مجرد علم وصفي إلى علم نقدي فلسفي يجمع بين الوصف العلمي والتحليل الفلسفي والنقد العقلي الملتزم بمعايير المنطق حيث قام بتوظيف هذه المعايير في أشكالها الأكثر تطورًا في عصر الحداثة وما بعدها.

كما انتهت الرسالة إلى أن الخشت يتيح الفرصة لرؤى أوسع للنظر للعقائد الإنسانية من زوايا متعددة ؛ فهو يتجاوز كل التصورات الشائعة ويكشف عن سر التحول في الوعي الديني حيث استطاع الخشت أن يكسر القواعد التقليدية ويعيد بناء المفاهيم سواء الدينية أو المضادة للدين ويقف في الوقت نفسه بالمرصاد للإلحاد من جهة وللفكر الديني البشري والرجعي والمؤسسي من جهة أخرى. وسعى إلى تحرير الدين من مفاهيم الكهنة.

كما انتهت الرسالة إلى أن فلسفة الخشت تنطلق كلها من مبدأ تأويل النص؛ فالتأويل عند الخشت هو أسلوب حياة ولازمة أساسية بنى عليها فكره بشكل كلي؛ فالخشت يقوم بتأويل المسكوت عنه من النصوص ويعتمد في مشروعه الفكري على العقلانية النقدية وإعمال العقل النقدي من أجل إحكام قيادة العقل، وتفكيك الخطاب الديني التقليدي وهو ليس تفكيكا للدين وإنما للبنية العقلية والفكر الإنساني الذي نشأ حول الدين.

جدير بالذكر أن الدكتور محمد عثمان الخشت فيلسوف عربي معاصر، يرأس جامعة القاهرة منذ أغسطس 2017، ويعد من كبار محققي التراث الإسلامي حيث بلغت تحقيقاته 24 كتابا من أهم كتب التراث، وتبلغ مؤلفاته العلمية 41 مؤلفًا في الأديان والعلوم الإنسانية والشرعية، وله 27 بحثًا علميًا محكمًا، وصدر أول كتاب محقق له عام 1982، وله أكثر من 15 بحثا علميا محكما باللغة الإنجليزية والألمانية منشورة في مجلات علمية محكمة إقليمية ودولية، ومن أبرز مؤلفاته كتاب "نحو تاسيس عصر ديني جديد" و"المعقول واللامعقول في الأديان" و"تطور الأديان" و"أخلاق التقدم" و"المجتمع المدني والدولة" و"فلسفة المواطنة وأسس بناء الدولة الحديثة"، و"معجم الأديان العالمية"، وترجمت بعض مؤلفاته وأبحاثه لعدد من اللغات منها: الإنجليزية، والألمانية، والفرنسية، والإندونيسية، وبعض اللغات الأفريقية، وأصدر باحثون عرب وأجانب عن مشروعه الفكري أكثر ثلاثة كتب وأكثر 100 بحث علمي محكم ورسالة ماجستير ودكتوراة.

وصنفه كرسي اليونسكو للفلسفة بالعالم العربي ضمن الفلاسفة العرب المُعاصرين في موسوعة الفلاسفة العرب المعاصرين الصادرة عن كرسي اليونسكو للفلسفة بالعالم العربي في 2017، كما أصدر اليونسكو مجلدا كاملا عن فلسفته في 2020. والدكتور الخشت صاحب نظرية جديدة في تطور الأديان، وقدم مشروعا جديدا لتجديد الفكر الديني قائم على العقلانية النقدية، ويرى ضرورة تطوير علوم الدين، وليس إحياء علوم الدين القديمة. ودعا الخشت إلى صياغة خطاب ديني جديد بدل تجديد الخطاب الديني القديم، وأعاد تأويل موقف الشريعة من قضايا المرأة بالعودة إلى المنابع الصافية: القرآن الكريم والسنة يقينية الثبوت.